Pappalediga Thomas och sonen Dante, 14 månader, är försvunna. Den skickliga utredaren Hanna Duncker vid Kalmarpolisen kallas till Thomas och hustrun Jennys hem i Hulterstad på Öland. Thomas är en kärleksfull far och make men snart uppdagas hemligheter. Thomas har en vuxen dotter som befinner sig på Öland och just tagit kontakt. Även frivilliga från Missing People engagerar sig i sökandet och när Thomas hittas död blir jakten efter lilla Dante en kamp mot klockan.

Hanna plågas av vad som egentligen hände när hennes pappa dömdes för mord, det är något som inte stämmer i den 16 år gamla polisutredningen. "Skuggliljan" är andra delen i Ölandsbrotten, en deckarserie om att leva i skuggan av brott och att inte kunna klippa banden med sin hembygd.