Tokyo 1941. Japan är allierad med Tyskland och Japan har ännu inte anfallit Pearl Harbor. Tokyo är mötesplatsen för diplomater, representanter från främmande makters underrättelsetjänster och högt uppsatta militärer. När berättelsen Spionen Richard Sorges trettonde bekännelse börjar arbetar Richard Sorge, korrespondent för tidningen Frankfurter Zeitung, på den tyska ambassaden som pressattaché. Samtidigt leder han ett spionnätverk i syfte att skaffa viktiga upplysningar, som han skickar till Moskva.
Spionen Richard Sorges trettonde bekännelse är en berättelse om hur krigets fasor demoraliserar människor, men också om vänskap, en pojkes sökande efter en fadersgestalt och om moraliska konflikter.