1998 försvinner en tvåårig pojke spårlöst från ett dagis i Lund. Fallet blir aldrig löst.

Tjugo år senare får kommissarie Sara Vallén vid polisen i Lund in ett tips från Dalapolisen som tycks vara kopplat till den försvunne pojken. Sara och Torsten Venngren åker upp till Falun för att ta reda på mer, men ställs bara inför fler och fler frågor, och när paret som kopplats till försvinnandet hittas döda och märkta med hakkors inser de att de står inför något som är större än de först trott. 

Saras döttrar Klara och Bella har startat en studiegrupp för ensamkommande flyktingbarn. gruppen har trakasserats av en sammanslutning unga män som kallar sig nationalister, och i samband med det försvinner Reza, en av deras elever. De anmäler både trakasserierna och försvinnande men har svårt att få gehör för sin oro. Men så hittas Reza död i Höje å, med ett hakkors inristat i pannan...

Pojken som försvann är en skrämmande aktuell roman med starka kopplingar till dagens samhällsklimat och unga människor utsatthet i en värld där de vuxna sviker.