Kasper Krone är cirkusartist med en enorm skatteskuld som gjort honom efterlyst i flera länder. Men han har också terapeutiska och synska utförsgåvor, han kan höra folks själstillstånd av den musiksom omger dem. En dag kommer han i kontakt med en tioårig flicka, KlaraMaria, som är helt omgiven av tystnad. När hon så plötsligt försvinner börjar han leta efter henne, för han förstår att det är något mycket speciellt med hennes tystnad.
Snart blir han varse att han inte är den ende som är på jakt efter henne.

Precis som i Fröken Smillas känsla för snö väver Peter Høeg i Den tysta flickan skickligt samman en kriminalhistoria med geopolitiska komplotter och metafysik, miniessäer om musik med drastisk humor och biljakter.