Två pojkar blandas ihop på BB och åker hem med fel familj. Sex år senare uppdagas misstaget och pojkarna återförs till sina riktiga föräldrar. "Kapten Nemos bibliotek" är berättelsen om ett familjedrama på 40-talet i Västerbottens kustland. Den är en mörk fabel som söker efter svaret på en gåta, som kanske är en kriminalgåta, i det gränsland där fantasin ger skydd mot verkligheten men speglar sanningen.